Đông Sa vốn là đảo không người và hiện nay vẫn không có dân thường định cư. Thế kỷ XVIII, Nhà Thanh kiểm soát và quy thuộc nó vào châu Huệ, tỉnh Quảng Đông. Năm 1909, Nhà Thanh từng thỏa thuận bán đảo Đông Sa cho Nhật Bản với giá 38 vạn yên. Chính phủ Nhật định nhập quần đảo này vào lãnh thổ Đài Loan thuộc Nhật. Tuy nhiên sau đó, thủy sư đề đốc Lý Chuẩn kháng nghị lên triều đình nên Nhà Thanh không bán nữa. Trung Quốc bắt đầu xây dựng một số công trình trên đó. Trong Chiến tranh Thái Bình Dương, Hải quân Đế quốc Nhật Bản chiếm đóng quần đảo này. Sau khi chiến tranh kết thúc, chính quyền Trung Hoa Dân Quốc thu hồi lại. Hiện nay, đảo Đông Sa do Tuần duyên Đài Loan quản lý sau khi nhận bàn giao cơ sở hạ tầng cảng và đường băng từ quân đội vào năm 2002.[4]